背景介绍：
微卫星标记（Microsatellite）也称为短串联重复序列（STR）或简单重复序列（SSR），是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位基因可以用多种方法检测，传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法，费时费力效率低。华科鉴联基因科技基于为数百家客户提供优质的微卫星（STR/SSR检测）分析服务的经验，利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标对目的DNA片段长度进行计算，使STR分型变得自动化、高效、快捷，结果也更加精确。
项目介绍：
１．微卫星(SSR/STR)引物开发
通过富集微卫星序列，开发出具有一定重复特征的微卫星序列，并且对序列进行多态性和特异性验证，最 终提交10对具有多态性的微卫星引物。
２．微卫星（SSR/STR）引物筛选
选取部分代表性样本，利用普通引物进行PCR扩增，然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。
3．样本批量扩增
用带有荧光标记（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，对批量样本进行PCR扩增。华科鉴联基因科技拥有高通量PCR仪平台，可以满足大量样本扩增需求。
４．ABI测序仪检测
带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合，用3730xl等测序仪进行毛细管电泳，并得到原始数据（fsa文件）。
图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱
５．原始数据分析
编制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件，并生成PDF图谱和Excel文档（包括size、基因分型等信息），分析后的电泳图谱见图3。
各遗传分析软件：
1、 Cervus软件：等位基因数，观测杂合度，期望杂合度，多态信息含量等
2、 Genepop软件：是否偏离Hardy-Weinberg平衡，判断连锁不平衡位点，评估种群间遗传分化指数
3、 Popgene软件：基因频率，等位基因数，Nei’遗传多样性，基因流，遗传距离，遗传分化，聚类分析等
4、 ARLEQUIN软件：AMOVA分析，种群间遗传分化等
5、 STRUCTURE软件：种群结构模式
6、 FSTAT软件：等位基因频率，等位基因数，等位基因丰富度，基因多样性，近交系数，种群分化等
7、 Bottleneck软件：种群动态分析
